為維持研究上的前瞻地位，我們將創造利基，建立新計畫、建立合作及整合研究計畫。我們的目標是透過院、內外各學科間的合作來促進研究活動蓬勃發展，集中於下列方向重點的探討：
  1. 分子/細胞致病機制: (1)動物病毒與寄主細胞之交互作用(2)病毒疫苗研發(3)深海微生物研究和藥物篩選
  2. 動物環境適應機制的整合性研究：(1)動物適應的分子生理機制(2)環境因子與分子細胞調控機制(3)動物第二性微之功能機制
  3. 病病動物模式：(1)斑馬魚胚胎發育、器官分化及基因調控、突變魚、藥物篩選(2)人類原生腫瘤老鼠模式-藥物篩選、腫瘤幹細胞(3)靈長類實驗動物中心
  4. 幹細胞研究
  5. 臨海研究站：(1)負責國家水產GMO田間試驗管理中心任務並協助國內外田間試驗計畫(2)執行研究站內部計畫(海洋生物功能性基因體及生物技術、基因轉殖、病理及生理生態)(3)生物多樣性研究及資科展示。