海源性淡水魚在台灣的淡水魚裡,超過三分之二的魚種為河口魚類或河海洄游性魚類。這些魚類的生命史中,至少有部份階段能適應鹹水,故能藉由海洋傳播;例如日本鰻的鰻苗時期,或台灣鉤吻鱒的亞成魚期。牠們的祖先大多藉由台灣東南方的黑潮抵達台灣河口,再進一步上溯至台灣淡水水域,主要棲息於台灣東部的宜蘭、花蓮、台東及恆春半島南部的河流中。
台灣附近的洋流乘著洋流而來台灣東部的海源性淡水魚,主要來自印尼、菲律賓等東南亞海域,牠們隨著黑潮北上抵達台灣東南緣海。台灣西北部的海源性淡水魚種,則大多數來自大陸東緣沿海,主要是順著大陸沿岸流,由東海沿台灣海峽南下抵台。另外,來自南海的西南季風吹拂而成的風送流,也將部份南海北部的海源性淡水魚,送達台灣西南部。
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