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台灣面積雖小,佔全球陸地面積的比例可能只有千分之幾或萬分之幾,但台灣海洋生物的種類之多,卻可高達全球物種的十分之一。譬如魚類、珊瑚、海藻、甲殼類等幾個調查及分類工作作的較為完整的生物類別均是如此。至於那些洄游範圍廣的種類,如海龜或海豚,則比例更可高達1/3~1/2。因此相對而言,台灣海洋生物種類之多比起其他沿海國家而言,其平均值要高出500倍之多。造成台灣海洋生物資源豐富的主要原因除了因為台灣地理位置優越,正好位在全球最大陸棚區的邊緣,以及全球海洋生物物種最繁茂的東印度群島的北緣外,更主要的原因是台灣海域棲地的多樣性非常高。這包括了複雜的底質、地形、水深、海流與水溫等的生態因子的多樣化。如本省西岸皆為沙質淺灘,台灣海峽平均不過50公尺,除水中表層的洄游魚種外,均為沙泥底棲魚種。此外西海岸還有不少河口與紅樹林,紅樹林甚至是全球紅樹林分布的北限。東岸則水深可達數千公尺以上,孕育著許多鮮為人知奇形怪狀的深海生物,可惜迄今仍缺乏調查與開發。
至於俗稱「海中熱帶雨林」物種最多的珊瑚礁,在全球海域面積雖僅佔不到0.3%,但台灣卻何其有幸,在南北兩端及澎湖、小琉球、綠島及蘭嶼幾個離島也同時都有。不僅如此,由於東部、南部及小琉球等離島主要受到溫暖黑潮北上的影響,與北部及澎湖受大陸閩浙沿岸冷水流南下影響不同,造成溫度在冬季時南北可差到4~5℃。也因此台灣南北海域海洋生物的物種也有著明顯的差異。像這樣只有394公里長的島嶼卻可以同時擁有兩種不同的海底景觀與生物種類的確難能可貴,這也提供了學者從事系統分類、地理分布、生態保育、資源利用等等最好的研究地點和材料。但是台灣累積的物種多並非表示台灣的資源還很豐富,相反的,其中有將近一半到2/3的物種均已從過去的數量豐富、常見,變成今天的偶見、稀有,甚至絕跡。也就是說過去每次潛水可以看到的魚種,現在可能五年、十年都看不到一尾。
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